行政机关在行政许可的管理活动中所做的主要是两方面的工作：一是实施行政许可；二是对被许可人从事行政许可事项的生产经营等活动进行监督检查。在这两方面的工作中，行政机关都可能出现违法行为。
行政机关应当加强对被许可人从事行政许可事项活动的监督检查。行政机关在对行政许可的监督检查中负有重要责任，比如，应当建立健全监督制度；对被许可人从事行政许可事项的活动进行监督检查时，应当将监督检查的情况和处理结果予以记录；应当依法对被许可人生产经营的产品依法进行抽样检查、检验、检测，对其生产经营场所依法实施检查；实施监督检查时，不得妨碍被许可人正常的生产经营活动，不得接受被许可人的宴请、财物或者获取其他利益等。对于行政机关监督检查行政许可事项的责任，不少法律、行政法规都有专门规定。
在对行政许可事项的监督检查中存在的主要问题是，行政机关重许可，轻监督检查。这主要表现在两个方面：一是不依法履行监督责任。比如，根据计量法的规定，县级以上人民政府计量行政部门对本行政区域的计量工作负有监督管理的职责，计量法第十二条规定：“制造、修理计量器具的企业、事业单位，必须具备与所制造、修理的计量器具相适应的设施、人员和检定仪器设备，经县级以上人民政府计量行政部门考核合格，取得《制造计量器具许可证》或者《修理计量器具许可证》”，但个别政府的计量行政部门却疏于监督管理，不依法检查制造修理计量器具的企业、事业单位，是否具备与所制造修理的计量器具相适应的设施、人员和检定仪器设备，是否经县级以上人民政府计量行政部门考核合格，并取得《制造计量器具许可证》或者《修理计量器具许可证》，从而使本行政区域内的计量器具市场混乱，假冒伪劣计量器具充斥，严重影响了人民群众的正常生活。二是履行监督责任，但监督检查不力。比如，根据土地管理法第六十七条的规定，县级以上人民政府土地行政主管部门履行监督检查职责时，有权要求被检查的单位或者个人提供有关土地权利的文件和资料；有权要求被检查的单位或者个人就有关土地权利的问题作出说明；有权进入被检查的单位或者个人非法占用的土地现场进行勘测；有权责令非法占用土地的单位或者个人停止违反土地管理法律、法规的行为。但是，对于某单位大量非法占用土地实施违法开垦和建筑，某县级人民政府土地行政主管部门接到举报后，虽然也去现场实施监督检查，但没有依据土地管理法的有关规定采取严厉措施及时制止违法开垦和建筑的行为，最终导致土地的破坏和国家财产的重大损失。
