行政许可的设定权是一项十分重要的国家权力，谁有权设定行政许可，有权在什么样的范围内设定行政许可，直接关系到对公民、法人和其他组织权利的保护，关系到国家法制的统一，关系到行政管理效率的提高。长期以来，在行政许可设定权的行使方面，存在不少问题，特别是行政机关中乱设行政许可的现象比较严重。为了从源头上解决行政许可领域的诸多问题，推进行政管理体制的改革，本法第二章对行政许可的设定范围和种类，以及行政许可的具体设定机关都作出了详细规定。
在我国，有权设定行政许可的机关只有制定法律的全国人大及其常委会，制定行政法规的国务院，有地方性法规制定权的地方人大及其常委会，省、自治区、直辖市人民政府。国务院的部委办局，除省级人民政府以外的其他地方各级人民政府及其工作部门，以及没有地方性法规制定权的地方各级人大及其常委会，都无权通过制定规范性文件设定行政许可。无权设定行政许可的各级各类机关如果擅自制定规范性文件设定行政许可，即属于违法行为，其设定的行政许可无效。
对于无行政许可设定权的国家机关违法设定的行政许可，有关机关应当责令设定该行政许可的机关改正或者予以撤销。违法设定行政许可的机关既可能是行政机关，也可能是权力机关。有权责令改正或者撤销违法行政许可的机关也主要包括两类机关，一类是违法设定行政许可的行政机关的上级行政机关。比如，上级人民政府可以责令下级人民政府改正或者撤销违法设定的行政许可，同级人民政府可以责令其所属各工作部门改正或者撤销违法设定的行政许可。在行政管理活动中，上级行政机关的日常工作之一就是对下级行政机关实行领导和监督，所以，对违法设定行政许可的情况进行监督检查，主要是靠上级行政机关。上级行政机关在监督检查中，一旦发现违法设定行政许可的情况，随时予以纠正。第二类是对违法设定行政许可的机关行使监督权的权力机关。比如，人大及其常委会发现同级人民政府有违法设定行政许可的情况，即可依法行使监督职权，要求该人民政府改正或者撤销违法的行政许可。比如，人民代表大会可以要求同级人大常委会改正或者撤销其违法设定的行政许可，上级人大及其常委会可以要求下级人大及其常委会撤销其违法设定的行政许可。
有关机关在责令违法设定行政许可的机关改正或者撤销违法设定的行政许可的同时，对于违法设定行政许可的负有直接责任的人员可以依法追究其责任。
